Anlage 2.1: Bayerische Hohe Rhön (Vogelschutzgebiet DE5526471)
Anlage 2.2: Standortübungsplatz Mellrichstadt (Vogelschutzgebiet DE5527401)
Anlage 2.3: Laubwälder und Magerrasen im Grabfeldgau (Vogelschutzgebiet DE5628471)
Anlage 2.4: Nördlicher Forst Aura (Vogelschutzgebiet DE5723471)
Anlage 2.5: Haßbergetrauf und Bundorfer Wald (Vogelschutzgebiet DE5728471)
Anlage 2.6: Itz-, Rodach- und Baunachaue (Vogelschutzgebiet DE5831471)
Anlage 2.7: Truppenübungsplatz Hammelburg , (Vogelschutzgebiet DE5925301)
Anlage 2.8: Dianenslust (Vogelschutzgebiet DE5927471)
Anlage 2.9: Mainaue zwischen Eltmann und Haßfurt (Vogelschutzgebiet DE5929471)
Anlage 2.10: Täler von Oberem Main, Unterer Rodach und Steinach (Vogelschutzgebiet DE5931471)
Anlage 2.11: Felsen- und Hangwälder im nördlichen Frankenjura (Vogelschutzgebiet DE5933471)
Anlage 2.12: Schneeberggebiet und Goldkronacher I Sophientaler Forst (Vogelschutzgebiet DE5937471)
Anlage 2.13: Spessart (Vogelschutzgebiet DE6022471)
Anlage 2.14: Maintal zwischen Schweinfurt und Dettelbach (Vogelschutzgebiet DE6027471)
Anlage 2.15: Schweinfurter Becken und nördliches Steigerwaldvorland (Vogelschutzgebiet DE6027472)
Anlage 2.16: Oberer Steigerwald (Vogelschutzgebiet DE6029471)
Anlage 2.17: Waldnaabaue westlich Tirschenreuth (Vogelschutzgebiet DE6139471)
Anlage 2.18: Buntsandsteinfelsen am Main (Vogelschutzgebiet DE6221401)
Anlage 2.19: Ortolangebiete um Erlach und Ochsenfurt (Vogelschutzgebiet DE6226471)
Anlage 2.20: Südliches Steigerwaldvorland (Vogelschutzgebiet DE6227471)
Anlage 2.21: Felsen- und Hangwälder in der Fränkischen Schweiz (Vogelschutzgebiet DE6233471)
Anlage 2.22: Südlicher Steigerwald (Vogelschutzgebiet DE6327471)
Anlage 2.23: Aischgrund (Vogelschutzgebiet DE6331471)
Anlage 2.24: Markwald bei Baiersdorf (Vogelschutzgebiet DE6331472)
Anlage 2.25: Regnitz- und Unteres Wiesenttal (Vogelschutzgebiet DE6332471)
Anlage 2.26: US-Truppenübungsplatz Grafenwöhr (Vogelschutzgebiet DE6336301)
Anlage 2.27: Vilsecker Mulde (Vogelschutzgebiet DE6336471)
Anlage 2.28: Manteler Forst (Vogelschutzgebiet DE6338401)
Anlage 2.29: Torflohe (Vogelschutzgebiet DE6341301)
Anlage 2.30: Unterfränkisches Taubertal und Laubwälder nördlich Röttingen (Vogelschutzgebiet DE6425471)
Anlage 2.31: Ochsenfurter und Uffenheimer Gau und Gäulandschaft NÖ Würzburg (Vogelschutzgebiet DE6426471)
Anlage 2.32: Nürnberger Reichswald (Vogelschutzgebiet DE6533471)
Anlage 2.33: Taubertal in Mittelfranken (Vogelschutzgebiet DE6627471)
Anlage 2.34: Charlottenhofer Weihergebiet, Hirtlohweiher und Langwiedteiche (Vogelschutzgebiet DE6639372)
Anlage 2.35: Altmühltal mit Brunst-Schwaigau und Altmühlsee (Vogelschutzgebiet DE6728471)
Anlage 2.36: Truppenübungsplatz Hohenfels (Vogelschutzgebiet DE6736302)
Anlage 2.37: Regentalaue und Chambtal mit Rötelseeweihergebiet (Vogelschutzgebiet DE6741471)
Anlage 2.38: Wälder im Vorland der südlichen Frankenalb (Vogelschutzgebiet DE6832471)
Anlage 2.39: Großer und Kleiner Arber mit Schwarzeck (Vogelschutzgebiet DE6844471)
Anlage 2.40: Nationalpark Bayerischer Wald (Vogelschutzgebiet DE6946301)
Anlage 2.41: Felsen und Hangwälder im Altmühl-, Naab-, Laber- und Donautal (Vogelschutzgebiet DE7037471)
Anlage 2.42: Wälder im Donautal (Vogelschutzgebiet DE7040302)
Anlage 2.43: Donau zwischen Regensburg und Straubing (Vogelschutzgebiet DE7040471)
Anlage 2.44: Nördlinger Ries und Wörnitztal (Vogelschutzgebiet DE7130471)
Anlage 2.45: Felsen und Hangwälder im Altmühltal und Wellheimer Trockental (Vogelschutzgebiet DE7132471)
Anlage 2.46: Donau zwischen Straubing und Vilshofen (Vogelschutzgebiet DE7142471)
Anlage 2.47: Riesalb mit Kesseltal (Vogelschutzgebiet DE7229471)
Anlage 2.48: Donauauen zwischen Lechmündung und Ingolstadt (Vogelschutzgebiet DE7231471)
Anlage 2.49: NATO-Übungsplatz Siegenburg (Vogelschutzgebiet DE7236304)
Anlage 2.50: Untere Isar oberhalb Mündung 1 (Vogelschutzgebiet DE7243401)
Anlage 2.51: Isarmündung (Vogelschutzgebiet DE7243402)
Anlage 2.52: Wiesenbrüterlebensraum Schwäbisches Donauried (Vogelschutzgebiet DE7330471)
Anlage 2.53: Wiesenbrütergebiete im Unteren Isartal (Vogelschutzgebiet DE7341471)
Anlage 2.54: Schwäbisches Donaumoos (Vogelschutzgebiet DE7427471)
Anlage 2.55: Donauauen (Vogelschutzgebiet DE7428471)
Anlage 2.56: Naturschutzgebiet 'Vogelfreistätte Mittlere Isarstauseen' (Vogelschutzgebiet DE7537401)
Anlage 2.57: Freisinger Moos (Vogelschutzgebiet DE7636471)
Anlage 2.58: Ismaninger Speichersee und Fischteiche (Vogelschutzgebiet DE7736471)
Anlage 2.59: Salzach und Inn (Vogelschutzgebiet DE7744471)
Anlage 2.60: Mindeltal (Vogelschutzgebiet DE7828471)
Anlage 2.61: Ammerseegebiet (Vogelschutzgebiet DE7932471)
Anlage 2.62: NSG 'Vogelfreistätte Innstausee bei Attel und Freiham' (Vogelschutzgebiet DE7939401)
Anlage 2.63: Mittleres Lechtal (Vogelschutzgebiet DE8031471)
Anlage 2.64: Moorgebiet von Eggstätt-Hemhof bis Seeon (Vogelschutzgebiet DE8040471)
Anlage 2.65: Haarmoos (Vogelschutzgebiet DE8043371)
Anlage 2.66: Starnberger See (Vogelschutzgebiet DE8133401)
Anlage 2.67: Taubenberg (Vogelschutzgebiet DE8136302)
Anlage 2.68: Chiemseegebiet mit Alz (Vogelschutzgebiet DE8140471)
Anlage 2.69: Moore südlich des Chiemsees (Vogelschutzgebiet DE8141471)
Anlage 2.70: Geige1stein (Vogelschutzgebiet DE8239401)
Anlage 2.71: Naturschutzgebiet 'Östliche Chiemgauer Alpen' (Vogelschutzgebiet DE8241401)
Anlage 2.72: Wertachdurchbruch (Vogelschutzgebiet DE8329301)
Anlage 2.73: Ammergebirge mit Kienberg und Schwarzenberg sowie Falkenstein (Vogelschutzgebiet DE8330471)
Anlage 2.74: Murnauer Moos und Pfrühlmoos (Vogelschutzgebiet DE8332471)
Anlage 2.75: Loisach-Kochelsee-Moore (Vogelschutzgebiet DE8334471)
Anlage 2.76: Mangfallgebirge (Vogelschutzgebiet DE8336471)
Anlage 2.77: Nationalpark Berchtesgaden (Vogelschutzgebiet DE8342301)
Anlage 2.78: Bayerischer Bodensee (Vogelschutzgebiet DE8423401)
Anlage 2.79: Karwendel mit Isar (Vogelschutzgebiet DE8433301)
Anlage 2.80: Estergebirge (Vogelschutzgebiet DE8433471)
Anlage 2.81: Naturschutzgebiet Allgäuer Hochalpen (Vogelschutzgebiet DE8528401)
Anlage 2.82: Naturschutzgebiet 'Schachen und Reintal' (Vogelschutzgebiet DE8532471)
Anlage 2.83: Hoher Ifen und Piesenkopf (Vogelschutzgebiet DE8626401)
Anlage 2.84: Nördliches Erdinger Moos (Vogelschutzgebiet DE7637471)